在食品杀菌设备的选择方面,传统选择一般是巴氏杀菌锅,对于较难的杀菌大部份人会想到高温杀菌,对于需要低温杀菌的食品,首先会选择辐照杀菌.其实在众多的杀菌设备中,微波设备在过去的几年未被大家所认识,随着近几年应用效果的突出表现,微波设备已成为企业的首选.因为,在众多的杀菌方法中,微波设备的优势最明显.
1.巴氏杀菌和蒸汽杀菌法缺点：由于蒸汽的热量是从外到内传递，导致杀菌时间长，会对物料的风味产生不良影响（如呈香物质、敏感氨基酸的损失），且能耗大、操作繁琐、生产连续性差。
2.辐照技术食品杀菌法缺点：会破坏物料的分子结构，产生不可逆转的伤害；产生辐照残留物，破坏食品原有的香味；使某些食品的色泽变浅或褪尽；由于辐照剂量不得超过10kGy，故对某些顽固有害菌的杀灭并不彻底。并且科学界对辐照食品的安全性尚有争议，世界各国对辐照食品的审批都持谨慎态度，如在二战中受到原子弹打击的日本，就禁止进口和销售辐照食品。同时，许多消费者对辐照食品的购买也很保守。
2.辐照技术食品杀菌法缺点：会破坏物料的分子结构，产生不可逆转的伤害；产生辐照残留物，破坏食品原有的香味；使某些食品的色泽变浅或褪尽；由于辐照剂量不得超过10kGy，故对某些顽固有害菌的杀灭并不彻底。并且科学界对辐照食品的安全性尚有争议，世界各国对辐照食品的审批都持谨慎态度，如在二战中受到原子弹打击的日本，就禁止进口和销售辐照食品。同时，许多消费者对辐照食品的购买也很保守。
3.微波杀菌方法，具有快速、节能、加热均匀、处理温度低、保存风味和养分、安全无残留、无污染、易自动化生产等优点。微波在食品工业中的应用十分广泛，可用于食品杀菌保鲜、干燥、熟化、焙烤、膨化、改性、加速化学反应等方面。
另外,微波处理食品，不会产生有害残留物。还有以下优点：1.使用方便，在食品车间内就可安装和使用微波设备。而要用辐照灭菌，首先得找到专业的辐照工厂，但我国对辐照厂的建造实行十分严格的许可制度，辐照厂数量不多，食品要运到较远的辐照厂，才能进行灭菌，结果是既不方便，又增加了运输成本，还浪费人力。2.降低杀菌成本。用微波杀菌设备对粉状、块状、颗粒状食品品杀菌，处理一公斤物料只需电费0.1~0.2元，成本比辐照灭菌更低。