杀菌设备种类很多，有高温杀菌，巴氏杀菌，微波杀菌，紫外线杀菌，臭氧杀菌，辐照杀菌，高压杀菌和化学药剂杀菌。在众多种杀菌设备中，各有各的特点和应用范围。
高温杀菌和巴氏杀菌主要通过热力杀菌，需要提供较高的温度，一般适用于不怕高温的熟食产品，比如熟食类产品，时间在15分钟以上。
微波杀菌相对来说温度在70度左右，通过热力和电磁波的生物效应一起作用杀菌，时间在5分钟左右，一般适用于要求杀菌温度低杀菌时间短的产品。紫外线杀菌只要通过电磁波的生产效应杀菌，温度较低，但杀菌时间长，一般需要3个小时以上，并且是表面层的杀菌，无法对物体的内部进行杀菌，一般适用于能长期存在于紫外环境的固定物体。比如医院的病房等。
辐照是一种放射性杀菌，一般应用于灭菌方面，但只局限于表面层的细菌为主，由于目前受到辐射残留危害的影响，应用受到了很大的限制。
高压杀菌主要通过压力进行杀菌，但效果如何尚未得知，目前的应用也未知。
化学药剂杀菌属于生产反应类的杀菌，主要应用于非食品产品的杀菌。