控制烘干机加工过程，必须先制定加工流程，不同的用户采用的参数不尽相同，比如，有的设备需要长时不间断的工作，生产大批量的饲料;有的则要进行多次小批量生产以得到多种不同的产品，但这些过程都能够通过过程控制来完成。有时需要根据环境空气状况调整系统控制，例如，根据一天当中补偿空气的湿度及温度变化调整加工过程参数。这可以将能耗降至最低，使排出气体的湿度达到最高，达到节约能源的目的。
在产品变化频率较高且变化范围较大的情况下，则需要更加复杂的控制系统。为达到水产饲料产品的要求，生产中挤压过程与干燥过程是紧密相连的。正如浮性饲料和沉性饲料在挤压过程中工艺有所不同一样，不同种类产品在烘干和冷却过程中需要的条件也不尽相同。挤压烘干机在线控制系统适用于目前所有的生产过程。其原理在于：挤压机可以控制流速，并测定所有投入物料的质量，用于计算进入烘干机内产品的含水量。这就需要输入原料的湿度或设置线内湿度测定装置以增强系统功能、提供补充信息，如物料的密度，丹麦SourceTechnologv公生产的在线分析装置在此方面性能卓越。
将测定装置的组件安装在挤压机与烘干机之间，便可以知道通过该点的产品的各项参数。挤压设备及烘干设备及时收集整理数据信息，以保证最终产品达到预期标准。另外一个测定系统置于烘干机后，进行限定检测，并将结果向系统反馈，以便做出调整。自动过程管理系统控制所有的数据，监测、评估包括发动机控制的气阀、液体流量计、干料损失重量以及能量测定装置在内的整个加丁过程，作出相应调整并确认实施状况。主要的控制囚素包括产品规格、空气流速、空气湿度、电机功耗、能量流动(包括气体及蒸汽)，形成一个全景式的监测，不仪关注食品安全指标，同时也注重生产成本问题。烘干机生产参数的调整将影响到生产成本，该系统则将这些参数调整到最佳状态。
改造后的烘干机通过减少粉尘聚积点、改善粉尘清理系统、改良入口、直接驱动的喷式铺料器，隔离底板，改进移动传送链端板与静止的防水盖片问的几何形状等一系列措施，大大提高了设备的卫生水平。电脑控制系统及产品在线测定装置的使用，在未来将推动挤压烘干技术在扩大生产时间，生产可追溯、可控制的卫生饲料方面发挥重要作用。