制药用离心机无论是非无菌药还是无菌药，是制药中间体还是成品药，其生产过程中对环境的要求提出了很高的要求，在高等级环境要求下，比如在无菌车间，就有万级、十万级等车间，良好的密闭性能可使得外部与机器内部保持有效的隔离。离心机内腔中的固、液、气相不得对车间环境造成污染，反过来，操作人员、外部环境也不能对物料产生污染。因此，制药厂商在订货时应告知离心机制造商，提出密闭要求。制造商应对离心机的密闭性能进行改进设计，并在制造时充分体现，一般在以下几个部位着重考虑：
机盖的密封：机盖因是可翻式，与机壳接合面应有可靠的密封措施，如果因密封结构或材质防腐失效，就可能造成液、气相的泄漏，对环境、人员造成伤害。
密封槽结构、密封条的防腐性能，在设计与选用时应充分考虑其密封性能和可靠性能。
对于进料管、洗涤管、观察镜等附加装置的安装接口，也应有可靠的密封措施。
轴承位的密封：对于主轴螺母、轴承位的密封，以前的传统机型在这方面的密封措施比较简易，只能做到相对密封。如主轴螺母部位，主轴螺母与转鼓接合面，一般不设置密封圈，离心机在运行过程中液相、气相渗入，对主轴锥面产生腐蚀，甚至渗入轴承中，对轴承产生破坏，从而影响机器的正常使用。上轴承盖一般都设置骨架式密封等结构，但上轴承盖与转鼓锥孔之间的一部分则暴露在外，离心机内腔中的气相，则可能对主轴暴露面产生腐蚀。制药行业所用的离心机，其所分离的物料中大都有机溶剂或酸、碱、盐等介质，因此在订购设备时应充分考虑到这些部位的密封要求，设置动密封或静密封结构，以达到密封要求。
传动带工作区域的密封：传统离心机其传动带是敞开式的，只是在电机端设置一防护罩，主要是从安全角度出发，以提高其使用安全性，但对于磨擦所产生的粉尘对环境的污染则没有加于控制，如在洁净区内使用是不可行的，因此，必须对传动带工作区域密闭起来，以防止磨擦粉尘的外泄。
其它部位（出液管、进料管、出料斗等接口部位）：对于离心机的外接管道，如进料管、洗涤管、清洗管等管道，一般情况下选用法兰安装方式，以保证其接口的密封性能，对于一些洁净度要求很高的场合，其接口应选用卫生级快开接口装置，以便于清洗。
2、在线清洗要求
在离心机内腔，设置清洗装置，离心机可在不开盖或运转过程中对离心机内部不可见表面进行清洗。有的用户，其主要产品是分离出的固相，对固相物的要求很高，即使是在线清洗管的清洗孔中滴出的液相进入固相中也不允许，因此在线清洗管的设计上应采取适当的措施以便对其管内进行清洗。
所用的管材，对一些洁净度要求高的场合，应选用卫生级管和卫生级快装卡，以消除管道可能带来的污染。 对于一些不与物料直接接触，或只是起支承的结构件，也可以采用包衬不锈钢的制造形式。
在结构设计上尽可能的过渡圆滑，表面平整，消除卫生死角，消除积液、积料等死角。
所有的不锈钢表面应经打磨抛光处理，表面光洁。
离心机配置的气动动作元件，如气动刮刀、气体辅助刮刀、气体反冲装置等，其动力源是气体（压缩空气或压缩氮气），应对气源进行净化，以保证药品不被气体中的杂质污染。