用途：生化研究、蛋白质结构分析。营养增补剂、酶制剂。主要用于鱼粉制造和其他蛋白质(如大豆蛋白)的水解,干酪制造中的凝乳作用(与凝乳酶合用),亦可用于防止啤酒的冷藏混浊。
功能： 治疗因胃蛋白酶缺乏或消化机能减退引起的消化不良症。胃蛋白酶为一种消化酶，常用于吃了蛋白性食物后，缺乏胃蛋白酶的消化不良，病后恢复期的消化功能减退，以及食欲不振与慢性萎缩性胃炎等，但它必须在酸性条件下才能发挥作用，故常与合用。
【适用条件】
反应温度40—60℃， PH值6—7；添加量一般为0.1—0.3%以原料计。
【应用范围】
Ⅰ 食品工业：利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸，可制成：
◎肉类嫩化剂，嫩肉粉的生产，
◎啤酒、果汁饮料澄清剂，酒类发酵剂；
◎饼干、面包、面条的减筋生产与加工，饼干松化剂的生产；
◎水解各种动物蛋白质，酱油酿造，酵母抽提物、酵母浸膏生产；
◎在各种动植物保健食品，蛋白粉，螺旋藻，高级口服液等类生产应用。提高食品的营养价值，更有利于消化吸收。
Ⅱ医药工业：
医药保健品的开发与生产（可制成木瓜含片、木瓜润喉片、肠溶片）检查红细胞表面及血型鉴别剂等，含木瓜蛋白酶的药物，可起到消炎、利胆、止痛、助消化的功效，进一步研究表明亦可治疗妇科病、青光眼、昆虫的叮咬等。
Ⅲ 纺织工业：
羊毛低温染色和防收缩，羊毛的防缩：用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软，收缩性为0；还可用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
Ⅳ皮革工业：
利用木瓜蛋白酶制成皮的脱毛剂，鞣制皮革，经本品鞣制的皮革，毛孔细致光亮。
Ⅴ饲料工业：
加入饲料配方中或直接与混合饲料混合饲喂，是纯天然无毒无污染的饲料添加剂，在饲料中添加蛋白酶，能使饲料软化，液化，尽量分解，转化出更多的能被动物有效吸收的多种氨基酸，葡萄糖，脂肪酸，提高蛋白质的利用率和降低饲养成本。还可利用本品水解动植物蛋白，开发新的饲料蛋白源。
Ⅵ化妆品行业：
护肤品和日用化工原辅料，加入含蛋白质和油脂的化妆品中，可起到保健、清洁皮肤、促进血液循环的作用。
Ⅶ 洗涤行业：
可加入洗涤剂的配方中，血液和蛋白质用具去污，辅助除去蛋白质为主的污点，加牙膏、漱口水、牙粉等配方中可清洁口腔，除去牙垢和牙结石，与其它溶剂配合可制成隐形眼镜的清洁消毒剂以及感光胶片银的回收等。
质量规格：按美国药典标准检测
项 目 美国药典标准 企业标准
性 状 白色或微黄色粉末 微黄色粉末
鉴 别 符合规定 符合规定
溶 解 性 易溶于水，几乎不溶于酒精 符合规定
酶 活 力 ----- 1000-20000NF.U/mg
干燥失重 ≤5.0% 符合规定
微生物限度检查
细菌总数 ≤10000/g 符合规定
霉菌和酵母菌数 ≤100/g 符合规定
大肠埃希菌 不得检出/g 不得检出/g
沙门氏菌 不得检出/10g 不得检出/g