一是出口基准价是否含税。目前的化肥出口政策为，旺季出口征收110%出口关税；淡季时，当出口价格不高于基准价格时税率为7%，当出口价格高于基准价格时税率为(1.07-基准价格/ 出口价格)×100%，尿素、磷酸一铵、磷酸二铵的出口基准价分别为2100元（吨价，下同）、2900元、3400元。
3月23日，氮肥工业协会会同国内数家大型尿素生产企业赴财政部、发改委汇报。当时传出的消息是，财政部就淡季尿素出口价进行了解释，认为今年执行的基准价应为不含税的价格，并表示日后会向海关做出解释。据测算，尿素含税与不含税价格相差大概144元左右。如果认为基准价不含税的话，相当于尿素出厂价在1900～2000元，也能享受到7%的低关税，如果认为基准价是含税的话，那么合算起来尿素出厂价只能在1760～1850元，现在尿素生产成本普遍在1800元以上，这显然对尿素厂家不利。就在大家以为基准价不含税是板上钉钉的时候，却传出消息说海关不同意，并且迄今为止确实也未看到有基准价不含税的新文件出台。
基准价是否含税目前还未有最后定论，相对而言，对尿素的影响比磷铵大。磷铵出口目前利润状况较好，如果基准价含税只不过是减少一些企业利润罢了。而按照目前的国际市场价格，尿素正好处在可出口可不出口边缘，如果含税的话，有可能严重影响到出口量，影响相对比较大。
二是人民币升值问题。4月29日，人民币兑美元中间价报6.4990元，首次突破6.50元整数关口，再创汇改以来新高。自去年6月第二次汇率改革以来，人民币兑美元累计升值约5%，今年第一季度人民币兑美元升值幅度达1.3%，4月累计升值0.88%，创下年内月度升值新高，人民币升值呈加速之势。
人民币升值对出口不利，例如，4月初时人民币对美元汇率在6.55左右，今后如果升值到6.45，尿素出口离岸价为350美元，那么汇率损失就达35元，基本上是人民币每升值1%，出口利润就要减少1%。人民币升值速度过快，对出口影响是非常大的。
不过出口的关键问题还在于国际价格，如果国际价格较高，上面这两个问题都可被忽略掉。据测算，如果我国的尿素出口离岸价能达到370美元以上，则出口会相当顺畅，那时基准价问题、人民币升值问题就不会再是大的问题。目前国际尿素价格已逐步走出低谷，最近三周连续出现上涨，波罗的海地区离岸价从前期最低310美元上涨到了目前的350～360美元，这对尿素出口是个好事；国际磷铵价格则一直在高位盘整。总体来看，我国化肥出口还存在着一定机会。