本次规章清理工作是根据国务院办公厅《关于做好规章清理工作有关问题的通知》精神，对环保部门规章中已经明显不适应经济社会发展要求的、与现行法规不一致的以及规章之间明显不协调的文件进行废止和修改。其中，《排放污染物申报登记管理规定》、《消耗臭氧层物质进出口管理办法》等43项规章和规范性文件拟予以废止，主要包括2008年以前印发的部分与环保工作相关的管理办法、通知文件以及对征收排污费等问题的复函。
《汽车排气污染监督管理办法》、《防治尾矿污染环境管理规定》等6项管理规定和办法拟予以修改，函文中对于具体条文的删除和修改也提出了明确意见，如1992年颁布实施的《防治尾矿污染环境管理规定》中，对于违规行为的处理条款将依照2005年实施的《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》进行修改，加大对违规行为的处罚力度。