煤制油商业化规模发展在未来必然会遇到煤炭供应的瓶颈。从2005年到2008年我国煤炭可采储量与储采比变化情况看，连续数年我国煤炭可采储量没有变化，尽管勘探技术不断进步，但是资源勘探的难度加大，成本提高，新的资源探明储量增长十分有限，每一年新增探明储量仅弥补了当年的部分开采量，而且随着煤炭开采数量的逐年增加，煤炭储采比呈下滑趋势。有专家从中得出结论，大规模发展煤制油，必然加大每一年的煤炭消费量，势必使得我国煤炭资源的保障年限进一步大幅缩短。
无论从煤制油的哪种技术路径来看,中国的煤炭资源都经不起煤制油大规模发展的“折腾”。长期看，以煤替代石油的方式只是将被替代的石油资源枯竭期滞后一些，而将煤的枯竭期加速提前。
从目前来看，煤制油企业并没有资源保障的担忧。我国煤制油项目都有配套煤矿，利用的原料是自产的坑口煤炭，价格相对国际煤炭价格很低，盈利空间巨大。但如果将煤炭的机会成本算入其中，将煤炭产品价格与国际市场价格挂钩，煤制油项目的收益就没有账面上的那么“漂亮”。研究表明，煤炭价格每升高50元/吨，项目的收益率就要降低1.4%～1.5%。
从媒体报道来看，即便是颇为高调的神华百万吨级煤直接液化项目，虽然项目于2008年底打通全流程并成功生产出柴油和石脑油产品，至今仍未达到设计能力，生产成本大大高于理论值。
在“十二五”期间，随着我国资源税改革的进一步推进，我国的煤炭生产成本将进一步完善，我国煤炭价格的定价机制也将有所改进，这将促使我国煤炭价格的进一步上涨。如果将煤制油成本在新的能源价格体系中进行核算，煤制油项目的投资风险将比企业现在估算的高很多。
由此来看，煤制油进一步大规模商业化的时机还未成熟。作为我国保障石油安全的远期战略技术储备项目，煤制油应继续提高项目的能量转化效率，降低对环境的负面影响，增强其技术稳定性与经济性。
