跟踪、冲撞、截停、登船、检查
下午13时左右，6名巡逻艇上的日方保安官强行登上中国渔船，迫使“闽晋渔5179号”停止行驶。其后海上保安总部派出22名海上保安官，登上中国渔船，以涉嫌违反《渔业法》为由对“闽晋渔5179号”进行了搜查。
中国渔船船长已被日方逮捕
当日晚间，日本海上保安厅与外务省、法务省等相关省厅针对此事召开局长级紧急会议，官房长官仙谷由人也于21时许加入。最终日本政府决定以涉嫌“妨害公务罪”对41岁的中国渔船男性船长实施逮捕。
另有日政府高官表示，将把中方船长“带到最近的检察机关或是警察机构，按照日本的程序加以处理”。
“与那国”号巡逻艇隶属日本海上保安亭11管区总部石垣海上保安部，去年2月为加强钓鱼岛海域的警备而投入使用，总吨位为1349吨，全长89米，甲板可起降直升机。
“闽晋渔5179号”中国渔船排水量166吨，长33米，事发时船上共有15名渔民。
中国“要求日方停止非法拦截行动”
中国外交部发言人姜瑜在7日的例行记者会上表示：“中方对日本巡逻船在钓鱼岛海域同中国渔船相撞的事件表示严重关切，已向日方提出严正交涉，强调钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国领土，我们要求日本巡逻船不得在钓鱼岛附近海域进行所谓‘执法’活动，更不得采取任何危及中国渔船及人员安全的行为。”。
她表示，中方将密切关注事态发展，保留作出进一步行动的权利。
中国外交部副部长宋涛7日奉命约见日本驻华大使丹羽宇一郎，就日本海保厅巡视船在钓鱼岛海域拦截中国渔船一事提出严正交涉，要求日方停止非法拦截行动。
日方向中方表示“严重抗议”
当天，日本外务省亚洲大洋洲局审议官北野充召见中国驻日大使馆公使刘少宾，对事件表示遗憾以示抗议。北野称，“这是中国渔船进入日本领海非法作业的事件”。
当晚，日本外务省亚洲大洋洲局长给中国驻日大使程永华打电话，就此事件向中方表示“严重抗议”。他还强调，日本政府准备依据日本国内法律进行处理。
2008年6月，钓鱼岛附近海域也曾发生过日本巡逻艇和台湾渔船碰撞导致渔船沉没的事故。
本报东京9月7日电
中华化工网新闻部